1、性质不同：卫健委即国家卫生健康委员会是组成部门，为正部级。卫生局是地方各级医院的主管部门。
2、职责不同：卫健委贯彻落实党关于卫生健康工作的方针和决策部署，在履行职责过程中坚持和加强党对卫生健康工作的集中统一领导。